Quel logiciel de paie choisir pour votre PME en 2025 ?
Vous cherchez un logiciel de paie pour automatiser les bulletins de paie et vous tenir au courant de la réglementation française et européenne ? Il existe...
Les 5 meilleurs logiciels de comptabilité pour indépendants et PME
Choisir son logiciel de comptabilité est une étape fondatrice pour tout entrepreneur. C'est l'outil qui va centraliser votre facturation, suivre votre trésorerie et garantir votre conformité fiscale. Mais face à un marché français dense, avec des dizaines de solutions aux promesses similaires, comment faire le bon choix ?
Ce guide est conçu pour vous aider à y voir clair. Nous avons sélectionné et analysé 5 des meilleurs logiciels de comptabilité, en les comparant sur des critères objectifs : leur cible, leurs fonctionnalités clés, leurs tarifs, et leur point fort unique.
Et parce que la comptabilité ne s'arrête pas à la saisie, nous verrons comment un compte comme Wise Business peut s'intégrer à ces outils pour automatiser la gestion de vos finances internationales.
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Tableau comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité
| Logiciel | Idéal pour | Version Gratuite | Prix de départ (payant) | Point Fort Unique |
|---|---|---|---|---|
| Indy | Les indépendants (BNC) et les sociétés (SASU, EURL...) | ✅ Oui (fonctions de base) | 16 € HT / mois | L'automatisation des déclarations fiscales. |
| Pennylane | Les TPE et PME en croissance qui collaborent avec un expert-comptable. | ⚠️ Non | 14 € HT / mois | La plateforme tout-en-un (compta, facturation, compte pro). |
| Abby | Les auto-entrepreneurs et freelances qui débutent. | ✅ Oui (fonctions de base) | 7,15 € HT / mois | La simplicité d'utilisation et la gestion multi-activités. |
| Henrri | Les artisans et TPE qui ont avant tout besoin d'un outil de facturation. | ✅ Oui (facturation illimitée) | 19 € HT / mois | Un des logiciels de facturation gratuits les plus complets. |
| Axonaut | Les TPE/PME qui cherchent un outil 360° (CRM, Devis, Facturation, Compta). | ⚠️ Non | 48,99 € HT / mois | La combinaison d'un CRM puissant avec les outils de gestion. |
Analyse détaillée de chaque logiciel de comptabilité
1. Indy : La solution tout-en-un pour les indépendants
Indy s'est imposé comme une référence pour les professions libérales et les dirigeants de petites sociétés grâce à son automatisation poussée des obligations comptables et fiscales.
| Critère | Détails pour Indy |
|---|---|
| Cible | Indépendants (BNC), SASU, EURL, SARL, SCI, LMNP. |
| Points Forts | ✅ Synchronisation bancaire et catégorisation automatique.✅ Remplissage et télétransmission des déclarations fiscales.✅ Support client réactif. |
| Tarifs (HT/mois) | 💰 Gratuit (facturation, synchro bancaire).💰 Premium dès 16 € (selon statut) pour les déclarations. |
2. Pennylane : La plateforme complète pour les PME en croissance
Pennylane est plus qu'un logiciel de compta, c'est une plateforme de gestion financière complète qui centralise tout, et qui est conçue pour la collaboration en temps réel entre le dirigeant et son expert-comptable.
| Critère | Détails pour Pennylane |
|---|---|
| Cible | Startups, TPE et PME de 1 à 250 salariés. |
| Points Forts | ✅ Outil tout-en-un : facturation, gestion des achats, suivi de trésorerie.✅ Centralisation des données pour l'expert-comptable.✅ Propose son propre compte pro et ses propres cartes. |
| Tarifs (HT/mois) | 💰 Dès 14 € pour les indépendants.💰 Dès 29 € pour les sociétés (1-5 salariés). |
3. Abby : Le logiciel de gestion accessible pour freelances
Abby cible les auto-entrepreneurs et freelances avec une promesse de simplicité et une offre gratuite attractive pour bien démarrer.
| Critère | Détails pour Abby |
|---|---|
| Cible | Auto-entrepreneurs, EI, et petites sociétés (SARL, SASU...). |
| Points Forts | ✅ Interface très simple et intuitive.✅ Gestion multi-activités (BIC/BNC).✅ Offre gratuite fonctionnelle pour débuter. |
| Tarifs (HT/mois) | 💰 Gratuit (fonctions de base).💰 Payant dès 7,15 € pour plus de fonctionnalités. |
4. Henrri : Le spécialiste français de la facturation gratuite
Henrri s'est fait connaître grâce à son logiciel de facturation en ligne 100% gratuit et certifié. Il propose ensuite des modules payants pour évoluer vers un outil de gestion plus complet.
| Critère | Détails pour Henrri |
|---|---|
| Cible | Artisans, TPE, et prestataires de services. |
| Points Forts | ✅ Devis et factures illimités et conformes, gratuitement.✅ Suivi des paiements et relances automatiques.✅ Solution 100% française. |
| Tarifs (HT/mois) | 💰 Gratuit (facturation).💰 Payant dès 19 € pour les fonctions de comptabilité. |
5. Axonaut : Le CRM et outil de gestion 360° pour les TPE/PME
Axonaut va plus loin que la comptabilité en intégrant une brique CRM (Gestion de la Relation Client) puissante, ce qui en fait un véritable outil de pilotage pour l'entreprise.
| Critère | Détails pour Axonaut |
|---|---|
| Cible | TPE et PME (artisans, agences, startups...). |
| Points Forts | ✅ Outil 360° qui connecte le commercial à la facturation et à la compta.✅ Automatisation poussée (devis, relances...).✅ Certifié et conforme à la législation française. |
| Tarifs (HT/mois) | 💰 Dès 48,99 € pour 1 utilisateur (avec engagement de 2 ans). |
L'enjeu de la synchronisation : comment connecter votre logiciel à votre compte pro ?
Un logiciel de comptabilité est plus efficace s'il se synchronise automatiquement avec votre compte professionnel.
✅ L'avantage de l'intégration directe : le cas de Wise Business
Avoir un compte qui "parle" nativement avec votre logiciel comptable vous fait gagner des heures chaque mois. Wise Business est l'un des seuls comptes internationaux à proposer des intégrations directes avec des logiciels disponibles en France.
| Logiciel Comptable | Disponibilité de l'intégration Wise |
|---|---|
| FreshBooks | 🇫🇷 France |
| Fintecture | 🇫🇷 France |
| Zoho Books | 🌍 Monde entier |
| Odoo | 🌍 Monde entier |
⚠️ Points de vigilance sur les solutions internationales
- QuickBooks quitte la France : Intuit a annoncé l'arrêt de QuickBooks pour le marché français fin 2023. Cette solution n'est donc plus une option viable pour les entreprises françaises.
- Xero et la conformité FEC : Xero est une plateforme mondiale très puissante, mais elle n'est pas nativement conçue pour le Fichier des Écritures Comptables (FEC), un format d'export obligatoire en France. Son utilisation peut donc complexifier la conformité fiscale.
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FAQ : Choisir et connecter son logiciel de comptabilité
Quel est le meilleur logiciel de comptabilité pour un auto-entrepreneur ?
Pour un auto-entrepreneur, des solutions comme Abby ou Indy en version gratuite sont excellentes pour démarrer avec la facturation et le suivi de base. Henrri est également un choix très solide pour la facturation gratuite.
Existe-t-il un logiciel de comptabilité vraiment 100% gratuit ?
Oui, Indy, Abby et Henrri proposent des versions gratuites fonctionnelles. Cependant, elles sont souvent limitées à la facturation et au suivi. Les fonctionnalités avancées, comme les déclarations fiscales automatiques, sont presque toujours payantes.
Quelle est la différence entre un logiciel de facturation et un logiciel de comptabilité ?
Un logiciel de facturation (comme Henrri gratuit) vous permet de créer des devis et des factures. Un logiciel de comptabilité (comme Indy ou Pennylane) va plus loin : il se connecte à votre banque, catégorise vos dépenses, prépare vos déclarations de TVA et génère votre bilan.
Pennylane est-il adapté pour un freelance seul ?
Oui, Pennylane propose une offre "Indépendants" dès 14 €/mois. Cependant, la plateforme révèle toute sa puissance quand elle est utilisée en collaboration avec un expert-comptable. Pour un freelance qui gère tout seul, Indy peut être une alternative plus directe.
Comment intégrer les transactions de mon compte Wise Business à ma comptabilité ?
Si votre logiciel a une intégration directe (comme FreshBooks ou Zoho), la synchronisation est automatique. Si ce n'est pas le cas (comme avec Indy ou Pennylane actuellement), vous pouvez télécharger vos relevés multi-devises depuis Wise aux formats CSV ou OFX et les importer en quelques clics dans votre logiciel.
QuickBooks quitte la France, quelle est la meilleure alternative ?
Pennylane est souvent considéré comme la meilleure alternative française à QuickBooks. C'est une plateforme tout-en-un très complète qui cible la même audience de TPE/PME et qui est, elle, parfaitement conforme à la législation française.
Sources :
Vérifiées pour la dernière fois le 22 septembre 2025.
*Veuillez consulter les Conditions d'utilisation et la disponibilité du produit pour votre région, ou visitez la page de tarification et des frais de Wise pour obtenir les informations tarifaires les plus récentes.
Cette publication est fournie à des fins d'information générale et ne constitue pas un avis juridique, fiscal ou professionnel de la part de Wise Payments Limited, de ses filiales et de ses sociétés affiliées. Elle n'est pas destinée à remplacer les conseils d'un conseiller financier ou de tout autre professionnel qualifié.
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